Những phi công ưu tú là các nhóm không quân dựa trên tàu sân bay (Kōkūtai(航空隊), sau này gọi là Kōkū sentai) có số lượng (từ một ít lên tới 80 hoặc 90 máy bay) phụ thuộc vào cả nhiệm vụ và loại tàu sân bay mà họ được đóng quân. Hạm đội tàu sân bay có ba loại máy bay: máy bay chiến đấu, máy bay đánh bom ngang/ném ngư lôi, và máy bay ném bom bổ nhào. Tàu sân bay nhỏ hơn có xu hướng chỉ có hai loại, máy bay chiến đấu và máy bay đánh bom ngang/ném ngư lôi.

Các Kōkūtai trên tàu sân bay có tổng cộng trên 1.500 phi công và nhiều máy bay vào đầu Chiến tranh Thái Bình Dương. Hải quân Nhật cũng duy trì một hệ thống hải đội hàng không trên cạn gọi là Kōkū Kantai và các hải đội hàng không trong khu vực được gọi là Homen Kantai có chứa hầu hết là các máy bay ném bom hai động cơ và thủy phi cơ. Tư lệnh cấp cao là Hạm đội Không quân Hải quân thứ mười một, được chỉ huy bởi Phó Đô đốc Nishizō Tsukahara. Máy bay trên đất liền cung cấp phần lớn lực lượng hàng không của hải quân Nhật Bản cho đến trước Thế chiến thứ hai.[36]

Mỗi hạm đội không quân hải quân bao gồm một hoặc nhiều không đội không quân hải quân (được chỉ huy bởi các Phó Đô Đốc), mỗi không đội có hai hoặc nhiều nhóm không quân hải quân. Mỗi nhóm không quân hải quân bao gồm một đơn vị cơ sở từ 12 đến 36 máy bay, cộng với 4 đến 12 máy bay dự trữ. Mỗi nhóm không quân hải quân gồm một số hikotai (飛行隊 phi đội) gồm 9, 12 hoặc 16 máy bay. Hikotai là đơn vị chiến đấu chuẩn của Không lực hải quân Nhật tương đương với một chutai trong Không lực Lục quân Đế quốc Nhật.

Mỗi hikotai được chỉ huy bởi một Trung úy, Chuẩn úy, hoặc Thượng sĩ có kinh nghiệm, trong khi hầu hết các phi công đều là hạ sĩ quan. Thường mỗi Hikotai chia làm bốn phần, mỗi phần (shotai) bao gồm ba hoặc bốn máy bay; vào giữa năm 1944 một shotai thường có bốn máy bay. Vào đầu Chiến tranh Thái Bình Dương có hơn 90 không đội hải quân mỗi nhóm được gán một tên hoặc một số. Các nhóm không quân hải quân được đặt tên thường được liên kết với một tư lệnh không quân hải quân cụ thể hoặc một căn cứ hải quân. Chúng thường được đánh số khi rời Nhật Bản.